我が家は２世帯住宅だったわけですが、工務店との契約は１本のみ。
つまり、建築費については総額ですべての話が進み、完了したので、タカシ世帯とヒデトシ世帯で建築費用をどのように分担するかは、両者による話し合いが必要になります。
どちらかが、あるいはどちらともが十分な資金を持っていたら「まーまー」で適当に分けて終わりにしてもいいのですが、我が家はお互いがこれから頑張って借金を返す立場なので、建築工事ごとに費用を抜き出し、負担割合を掛けて、両者の費用分担を決めました。

こういう作業は必ずヒデトシがやることになります。
ヒデトシは仕事で積算の素養があるので、量が多いことに対する苦労はありましたが、難しくて苦労したという思いはありませんでした。
けど、建築の知識がない方が同じことをするのは、恐らくとても困難なのではないかと思います。
むしろ、二世帯住宅を建てた方はどのようにして建築費の分担を決めたのか知りたいくらいです。
（総額を床面積で按分する方法もありだと思いますが、我が家は店舗付なので、店舗も含んだ値段を床面積で按分するのもどうかと思いますし）

参考までに、
床面積で按分した項目
屋根工事・基礎工事・外壁工事など

１：１で均等に分けた項目
建築確認に関する費用・設計費・共通で使用する部分のコンクリート土間の工事費など

それぞれが全額負担した項目（数量は図面等から拾いました）
建具工事・内装工事・エアコン工事など

建築費用で按分した項目
諸費用・出精値引き

電気関係の数量を拾うのには苦労しました。
どうしても合わなかったので、自分が拾った数字を元に建築費を分担しました。
↓例
請求書には　コンセント取付，単価\100，数量50箇所，工事費\5,000となっていた場合に、コンセントを数えたら全部で60箇所あり、内訳はタカシが36箇所、ヒデトシが24箇所だった場合は、タカシの負担は\5,000×（36÷60）＝\3,000，ヒデトシは\5,000－\3,000＝\2,000という感じで計算した。

ただ、この作業をやってよかったと思います。
自分の家についてさらに詳しく知ることができたし、作業の途中で「ひょっとして請求されている建築費が違っているかも？」という発見もいくつかしました。
違算の可能性があるものについては、近くＡさんに尋ねてみようと思います。

なお、この作業はトータルで４時間くらいかかりました。
建築費を分担するのに使用したＥｘｃｅｌのワークシートは、なかなかの出来栄えです。